Το Eργαστήριο των Φ.Ε. βρίσκεται στον 1^ο όροφο του σχολείου.

Διαθέτει όργανα Φυσικής, Χημείας και Βιολογίας για την πραγματοποίηση εργαστηριακών ασκήσεων - πειραμάτων.

Διαθέτει ηλεκτρονικό υπολογιστή εφοδιασμένο με λογισμικά εγκεκριμένα από το Υπουργείο Παιδείας με βίντεο, προσομοιώσεις πειραμάτων, διαφάνειες όλων των μαθημάτων των Φ.Ε. και εργασίες μαθητών, προβολέα (projector) και οθόνη.

Όλα τα μαθήματα της Φυσικής και Χημείας της Β΄ και Γ΄ τάξης, καθώς και της Βιολογίας της Α? και Γ? τάξης γίνονται εργαστηριακά για την καλύτερη κατανόηση των εννοιών των Φ.Ε.